Showing posts with label SARS-CoV-2. Show all posts
Showing posts with label SARS-CoV-2. Show all posts

Monday, April 13, 2020

Comparing Covid-19 spread globally

There is an ongoing debate on how to compare the spread of the SARS-CoV-2 virus and the victims of the Covid-19 disease among countries.
Several factors affect how this can —or can't— be measured:
  • Countries with early cases of Covid-19 did not initially have the know-how they developed later, which countries with later cases benefited from
  • There are vast differences in the way cases are measured among different countries; therefore cases are not a good measure
  • Those hospitalised, in need of an intensive care unit and dead are accurately measured and comparable with other countries'
  • Measures against the coronavirus differ among different countries, also depending on when the first carriers appeared
    The measures are difficult to account for, but the spread after the same number of day since the first case for each country is somewhat comparable
  • Living conditions and population density also matter and differ among countries
So, which is the right way to compare, by cases, cases per population, cases per population density or cases per country area?
My personal preference is cases by population density, but, for this post, I calculated all three indices for the case of deaths, which you may see in the following interactive charts, using Covid-19 data from the Johns Hopkins University Center for Systems Science and Engineering (JHU CSSE) and country data from Worldometer (please note that, due to name differences in different datasets, not all countries will have their indices calculated yet).

[Update April 27, 2020] The following is a bar chart race of the same data:
Please share your thoughts and/or suggest other types of comparisons in the comments.


This was first posted on April 13, 2020 in the blog "On Anything and Everything" as "Comparing Covid-19 spread globally".

Saturday, March 28, 2020

Τελικά πόσοι νοσηλεύονται με τη νόσο Covid-19 του Κορωνοϊού SARS-CoV-2;

Παρακολουθώ ανελλιπώς την εξέλιξη του Κορωνοϊού SARS-CoV-2 στην Ελλάδα από τη στιγμή που εμφανίστηκε το πρώτο κρούσμα.
Νοσηλείες της νόσου Covid-19 του Κορωνοΐού SARS-CoV-2
Από την αρχή γκρινιάζω που δεν διατίθεται κάποιο επίσημο σύνολο δεδομένων (dataset) με όλα τα δημοσιεύσιμα στοιχεία, παρά καθόμαστε εγώ και αρκετοί άλλοι και τα δημιουργούμε, παρακολουθώντας την ημερήσια ενημέρωση του κ. Σωτήρη Τσιόδρα, τον οποίο προσωπικά ευχαριστώ θερμά για την συνολική παρουσία του σε αυτή την κρίση, και τα δελτία τύπου του ΕΟΔΥ που ακολουθούν.
Ημερήσια Αναφορά 20200325, Διαγράμματα 3 & 4
Συμφωνούν τα δύο διαγράμματα μεταξύ τους
και με τα δελτία τύπου του ΕΟΔΥ;
Στις 20/3/2020 εμφανίστηκε λίγο φως στο τούνελ, υπό τη μορφή της ημερήσιας έκθεσης Covid-19, με αρκετά από τα στοιχεία που θα θέλαμε, όσοι ασχολούμαστε, αλλά με μια μορφή που μόνο το αιτούμενο dataset δε συνιστά. Θα μπορούσαμε να το περιγράψουμε και ως «η επιτομή του όχι μηχαναγνώσιμου»…
Στην ημερήσια αναφορά της 25/3/2020 (την τελευταία μέχρι τις 18/3/2020 15:00, που αναρτήθηκε αυτό το κείμενο) προστέθηκε ένα αναλυτικό διάγραμμα με τις νοσηλείες, το «Διάγραμμα 4: Κρούσματα COVID-2019 που νοσηλεύονται ανά ημέρα στη ΜΕΘ», το οποίο, βάσει του τίτλου του, δε μοιάζει να συμφωνεί καθόλου με το καθιερωμένο «Διάγραμμα 3: Νοσηλευθέντα κρούσματα COVID-19 στην Ελλάδα, 25 Μαρτίου 2020».
Λέω «δε μοιάζει», διότι η ανάγνωση των δύο διαγραμμάτων δεν είναι και τόσο προφανής (το διάγραμμα 4 δεν έχει καν υπόμνημα).
Ανεξαρτήτως του νεοεισαχθέντος διαγράμματος 4, ήδη από τις 20/3/2020 υπάρχει διάσταση με τις νοσηλείες που δίνει ο κος Τσιόδρας στην καθημερινή ενημέρωσή του (π.χ. 225 έναντι 186 στις 24/3/2020).

Θεωρώ, καλόπιστα, ότι μπορεί να διαβάζω κάτι λάθος ή να υπάρχει κάποια παραδρομή μεταξύ των στοιχείων που χρησιμοποιεί ο κος Τσιόδρας και αυτών που χρησιμοποιεί ο/η δημιουργός της εν λόγω αναφοράς. Ωστόσο, η υπόθεσή μου, ότι αυτό θα διευκρινιζόταν τις επόμενες ημέρες, ατύχησε. Η ημερήσια αναφορά δεν έχει εκδοθεί μετά τις 25/3/2020 και στην ημερήσια ενημέρωση σταμάτησε η αναφορά σε νοσηλείες, αναφέρονται, πλέον, μόνο διασωληνώσεις και νοσηλείες στη Μονάδα Εντατικής Θεραπείας…
Ενημέρωση 2/4/2020: Η έκθεση αναρτήθηκε και πάλι με στοιχεία μέχρι 29/3/2020. Το Διάγραμμα 4 δεν υπάρχει πια, ούτε και νεότερη έκθεση…
Πυκνό μυστήριο!
Υποκύπτοντας στον πειρασμό, επισημαίνω ότι δεν θα υπήρχαν τέτοια θέματα, αν ο ΕΟΔΥ διέθετε τα πρωτογενή στοιχεία, π.χ. όπως η Ιταλία και άλλες χώρες, ώστε να μην αναρωτιόμαστε τι δείχνει το κάθε διάγραμμα και πώς υπολογίζουμε τις συνολικές νοσηλείες από τις τρέχουσες (που ανέφερε μέχρι πρότινος η τηλεοπτική ενημέρωση), τους θανάτους και τα εξιτήρια…


Το παρόν άρθρο πρωτοδημοσιεύτηκε στις 28/3/2020 στο ιστολόγιο «Επί Παντός» με τίτλο «Τελικά πόσοι νοσηλεύονται με τη νόσο Covid-19 του Κορωνοΐού SARS-CoV-2;».

Sunday, March 1, 2020

Κορωνοϊός SARS-CoV-2 (Covid-19) στην Ελλάδα (καθημερινή ενημέρωση)

Coronavirus SARS-CoV-2 (Covid-19 cases) in Greece graph, infographic, visualization, γραφικά, γραφικό, διάγραμμα, Ελλάδα, κορωναϊός, κορωνοϊός, διαδραστικός χάρτης, mapΣυνήθως θέλω να διαβάζω από πολλές πηγές, ειδικά όταν πρόκειται για κρίσιμα θέματα. Με τον Κορονοϊό SARS-CoV-2 (που προκαλεί τη νόσο Covid-19) όμως, διαπιστώνω ότι ο πλουραλισμός δεν είναι απαραίτητα ωφέλιμος, καθώς σε ένα τόσο σοβαρό θέμα δημόσιας υγείας όπως μια πανδημία, πλέον (την χαρακτήρισε έτσι ο ΠΟΥ στις 11/3/2020), χρειάζεται υπεύθυνη και επίσημη πληροφόρηση, όχι η «γνώμη του κοινού».

Γι' αυτό, παραθέτω μόνο συνδέσμους στις σχετικές ιστοσελίδες των αρχών που έχουν την πληρέστερη πληροφόρηση, χειρίζονται την κρίση και είναι αρμόδιοι για την ενημέρωσή μας (τα δεδομένα ενημερώνονται καθημερινά· τελευταία ενημέρωση κειμένου στις 24/3/2020):
Αν υπάρχει άλλος σύνδεσμος αντίστοιχης βαρύτητας, ευχαρίστως να τον συμπεριλάβω επίσης.

Δείτε την εξέλιξη του Κορωνοϊού στην Ελλάδα, με τις παρακάτω επίκαιρες, αλλά πειραματικές, οπτικοποιήσεις.
Παρακαλώ σημειώστε: Οι ημερομηνίες είναι αυτές της ανακοίνωσης των κρουσμάτων, όχι πότε κόλλησαν, ούτε πότε ανιχνεύτηκαν. Οι τόποι (νομοί και πόλεις) μπορεί να είναι ο τόπος νοσηλείας και όχι εκεί που συνέβη ή εντοπίστηκε το κρούσμα.
  • Κρούσματα και κρούσματα ανά εκατομμύριο κατοίκους (ανά νομό)
    Δείτε πόσο διαφέρουν οι δύο εικόνες (κουμπί "Optional metrics"), αλλά λαμβάνοντας υπόψιν ότι κρούσματα που εμφανίζονται στην Αχαΐα, μπορεί να συνέβησαν στην Ηλεία…
    Για πιο εστιασμένη εικόνα, επιλέξτε τις προελεύσεις και τις ημερομηνίες που σας ενδιαφέρουν.
  • Τα ημερήσια κρούσματα, όπως ανακοινώνονται πρωτίστως από τον ΕΟΔΥ, με κάθε επιφύλαξη, ειδικά ως προς τους τόπους που αναφέρονται
  • Το πλήθος των κρουσμάτων ανά προέλευση 


Αν θέλετε να δείτε μια οπτικοποίηση σχετική με τη νόσο Covid-19 στην Ελλάδα, περιγράψτε τη στα σχόλια. Θα προσπαθήσω να υλοποιήσω τη δημοφιλέστερη :)
Παρακολουθείτε τις επίσημες οδηγίες και μείνετε ασφαλείς! Χωρίς πανικό, χωρίς υπερβολές, με μέτρο και σύνεση.


Το παρόν άρθρο πρωτοδημοσιεύτηκε στις 1/3/2020 στο ιστολόγιο «Επί Παντός» με τίτλο «Κορωνοϊός SARS-CoV-2 στην Ελλάδα (καθημερινή ενημέρωση)».